Beim Mikrozensus werden nicht direkt die Personen ausgewählt, die befragt werden, sondern die Gebäude, in denen die Personen wohnen. Dazu wird das Bundesgebiet in Flächen mit etwa gleich vielen Wohnungen (6 bis 12 Wohnungen) eingeteilt. Von diesen Flächen (Auswahlbezirke) werden nach einem mathematisch-statistischen Zufallsverfahren rund 1 % ausgewählt. So wird gewährleistet, dass jede dieser Flächen die gleiche Wahrscheinlichkeit hat, für die Befragung ausgewählt zu werden. Durch dieses Vorgehen ist es möglich, dass benachbarte Haushalte, die im selben "Auswahlbezirk" wohnen, für den Mikrozensus ausgewählt werden.
Alle ausgewählten Wohnungen oder Gemeinschaftsunterkünfte werden innerhalb von fünf aufeinanderfolgenden Kalenderjahren bis zu viermal in die Erhebung einbezogen.