Der Registerzensus greift auch auf bestehende Daten aus Verwaltungsregistern zurück. Diese Daten werden im von der Verwaltung getrennten sowie abgeschotteten Bereich der amtlichen Statistik verarbeitet und gespeichert. Dabei werden alle relevanten rechtlichen Regelungen befolgt, wie zum Beispiel die Rechtsprechung des Bundesverfassungsgerichts (BVerfGE), die europäische Datenschutz-Grundverordnung (DS-GVO) und das Bundesstatistikgesetz (BStatG).
Es gilt das Statistikgeheimnis nach § 16 Bundesstatistikgesetz: Einzelangaben, die für eine Bundesstatistik gemacht werden, sind geheim zu halten. Zudem gilt der Zweckbindungsgrundsatz nach Art. 5 Abs. 1 lit. b Hs. 2 DS-GVO, wonach Daten nur für statistische Zwecke und nicht für Verwaltungszwecke genutzt werden dürfen. Das sogenannte "Rückspielverbot" (BVerfGE 65,1) stellt darüber hinaus sicher, dass Einzelangaben weder an diejenigen öffentlichen Stellen zurückübermittelt werden, von denen sie ursprünglich stammen, noch an weitere Verwaltungsstellen weitergeleitet werden.
Die für den Registerzensus getroffenen Sicherheitsmaßnahmen werden fortlaufend weiterentwickelt, damit sie jederzeit dem aktuellen Stand der Technik entsprechen. Wie beim Zensus 2022 werden alle Daten unter strengen Vorgaben der Informationssicherheit verarbeitet. Mit dem Bundesbeauftragten für den Datenschutz und die Informationsfreiheit (BfDI) findet projektbegleitend ein durchgängiger Austausch statt.
Im Registerzensus sollen lediglich die Daten erhoben werden, die für den statistischen Verwendungszweck erforderlich sind. Zwischen Behörden werden Daten nur verschlüsselt und über gesicherte Eingänge übermittelt. Diese Maßnahmen werden ausführlich in Sicherheitskonzepten gemäß IT-Grundschutz beschrieben, bewertet und geplant, die konform zu den Standards des Bundesamts für Sicherheit in der Informationstechnik (BSI) sind. Umfangreiche technische und organisatorische Maßnahmen verhindern einen Missbrauch der Daten. So stellt ein detailliertes, restriktives Rechte- und Rollenkonzept sicher, dass Personen nach dem Need-to-know-Prinzip nur dann auf die Daten zugreifen dürfen, wenn sie diese zwingend für ihre Tätigkeiten benötigen. Die Einhaltung kann durch eine umfangreiche Protokollierung überprüft werden. Bürgerinnen und Bürger sollen sich durch das im Registermodernisierungsgesetz vorgesehene "Datenschutzcockpit" einen Überblick über die Datenübermittlungen verschaffen können. Darüber hinaus wird ihnen ein Online-Verfahren zur Ausübung des Auskunftsrechts gemäß Art. 15 DS-GVO geboten.
Die Ergebnisse werden nur aggregiert und anonymisiert veröffentlicht. Ein Rückschluss auf einzelne Personen ist dadurch nicht möglich. Zudem gelten strenge gesetzliche Löschfristen für nicht mehr benötigte Daten.