Die Wassergesamtrechnungen haben das Ziel, die Wasserflüsse aus der Natur in das wirtschaftliche System (Produktionsbereiche, private Haushalte), innerhalb des wirtschaftlichen Systems und vom wirtschaftlichen System in die Natur darzustellen.
Bei der Entnahme von Wasser aus der Natur handelt es sich um die direkte Entnahme von Grund-, Quell- und Oberflächenwasser sowie Uferfiltrat. Zu dem aus der Natur entnommenen Wasser gehört auch das im Kanalsystem gesammelte Fremd- und Regenwasser.
Der Wassereinsatz der Produktionsbereiche und privaten Haushalte setzt sich zusammen aus der direkten Entnahme von Wasser aus der Natur und dem Fremdbezug aus der öffentlichen Wasserversorgung abzüglich der Abgabe an andere Produktionsbereiche. Nach dem Konzept der Wassergesamtrechnungen enthält der Wassereinsatz außerdem das Fremd- und Regenwasser, die Verluste und das ungenutzt abgeleitete Wasser. Aus gesamtwirtschaftlicher Sicht unterscheidet sich der Wassereinsatz von der Wasserentnahme lediglich durch den Saldo von Ex- und Import von Wasser.
Die Abgabe von Wasser an die Natur durch die Produktionsbereiche und privaten Haushalte unterscheidet sich von der Entnahme des Wassers aus der Natur durch den Ein- beziehungsweise Ausbau von Wasser in Produkte. Im Unterschied zum Abwasser enthält die Größe Abgabe von Wasser an die Natur die Positionen Fremd- und Regenwasser, Verdunstung und sonstige Verluste. Abwasser kann direkt in den Vorfluter oder indirekt über die öffentliche Abwasserbeseitigung in die Natur eingeleitet werden. In die Natur eingeleitetes Abwasser kann zudem behandelt oder unbehandelt abgeleitet werden.
Zur Berechnung der Wasserflüsse nach den Konzepten der Wassergesamtrechnungen werden unterschiedliche Datenquellen herangezogen. Die wichtigste Datenquelle ist die amtliche Wasserstatistik (Erhebung der öffentlichen Wasserversorgung und der öffentlichen Abwasserbeseitigung sowie Erhebung der nichtöffentlichen Wasserversorgung und der nichtöffentlichen Abwasserbeseitigung). Um Datenlücken zu schließen, werden weitere Daten aus der amtlichen Statistik (zum Beispiel aus der Agrarstatistik oder aus Erhebungen des Verarbeitenden Gewerbes) genutzt.