Im Gegensatz zur Flächennutzungsstatistik orientiert sich die Flächenbilanzierung der Ökosysteme hauptsächlich an ökologischen Charakteristiken. Dies bedeutet, dass nicht die Art der Flächennutzung, sondern die ökologische Bedeutung und Relevanz für Ökosystemleistungen im Fokus der Flächenklassifizierung steht. So werden bei der Flächenbilanz der Ökosysteme beispielsweise kleine Straßen und Wege dem umgebenden Ökosystem zugeordnet und nicht als Straßen ausgewiesen. Die Einteilung der Flächen basiert auf der detaillierten nationalen Ökosystemklassifikation mit insgesamt 74 unterschiedlichen Klassen.
Während die Flächennutzungsstatistik auf den Daten des Amtlichen Liegenschaftskatasterinformationssystems (ALKIS) beruht, werden zur Berechnung der Ökosystemflächenbilanz eine Vielzahl zusätzlicher räumlicher Datensätze wie Satellitenbilder, Orthophotos und Biotopkartierungen verarbeitet.
Zusätzlich zum terrestrischen Staatsgebiet umfasst die Flächenbilanz der Ökosysteme auch die Meeresgewässer Deutschlands und die Ausschließliche Wirtschaftszone in Nord- und Ostsee.