Bei einer Qualitätssicherung werden sowohl das Vorgehen als auch die Ergebnisse einer Evaluierung hinsichtlich ihrer Qualität und Aussagekraft bewertet. Eine Qualitätssicherung ist dann verpflichtend, wenn eine interne Evaluierung – also eine Selbstevaluierung – vom zuständigen Bundesministerium durchgeführt wurde. Gegenstand der Qualitätssicherung sind die in der Evaluierung verwendeten Indikatoren und Daten. So soll bewertet werden, ob diese für die Überprüfung der Wirksamkeit des Vorhabens geeignet sind. Daneben sollen die Datenauswertung und die Verwendung der Ergebnisse überprüft werden. Abschließend wird ein Fazit gezogen, ob der Evaluierungsbericht von der prüfenden Stelle als aussagekräftig und valide angesehen wird. Die Einbindung der Qualitätssicherung sollte bereits zur Planung des Evaluierungsvorhabens erfolgen.