Hans Günther Merk wurde am 13. September 1930 in Münchwald im Kreis Bad Kreuznach geboren. Nach dem Abitur 1950 studierte er Jura in Mainz. 1954 legte er das erste und 1958 das zweite juristische Staatsexamen ab.
Von 1958 bis 1959 war Hans Günther Merk als Rechtsanwalt und als Richter beim Amtsgericht in Koblenz tätig. 1959 trat er ins Bundesministerium des Innern (BMI) ein, dem er 35 Jahre lang in verschiedenen Funktionen verbunden war, unter anderem in den Bereichen Sport und Medien, Datenverarbeitung in der öffentlichen Verwaltung und Bevölkerungsfragen. Ende der 1960er Jahre war er in der Sportabteilung des BMI auch an der Vorbereitung der olympischen Spiele 1972 in München beteiligt.
Am 9. Juni 1992 wurde Hans Günther Merk zum Präsidenten des Statistischen Bundesamtes ernannt. In seiner Amtszeit wurde das System der Bundesstatistik vollständig in den neuen Ländern eingeführt. Damit war die amtliche Statistik in der Lage, erstmals ein umfangreiches Bild der wirtschaftlichen und sozialen Verhältnisse in ganz Deutschland zu zeichnen, da die Daten nach einheitlichen Methoden erhoben wurden. Damals wurden auch die Weichen für den Umzug der ehemaligen Zweigstelle des Statistischen Bundesamtes von Berlin nach Bonn gestellt.
Unter Hans Günther Merk erweiterte die amtliche Statistik in Deutschland ihr Informationsangebot um die Gesundheitsberichterstattung und die Umweltökonomischen Gesamtrechnungen. Nicht zuletzt setzte Hans Günther Merk auf die verstärkte Nutzung der Informationstechnologie bei der Statistikproduktion und -verbreitung.
Auch die Zusammenarbeit in Europa lag Hans Günther Merk sehr am Herzen: Zum einen trieb er den Aufbau des europäischen statistischen Systems voran, zum anderen beteiligte sich das Statistische Bundesamt aktiv an der Weiterbildung der Statistiker aus Osteuropa und der ehemaligen Sowjetunion.
Noch während seiner Amtszeit, die im Jahr 1995 endete, bemühte sich Hans Günther Merk darum, den 54. Weltkongress des Internationalen Statistischen Instituts (ISI) nach Deutschland zu holen. Nach erfolgreicher Bewerbung übernahm er - schon als Pensionär - den Vorsitz des Nationalen Organisationskomitees. An dem Treffen im August 2003 nahmen 2 400 Statistiker teil.